La raíz de la genciana contiene principios amargos como gancriopicrina, que actúa como aperitivo y digestivo, pues es capaz de facilitar la motilidad gástrica y estimular las secreciones del estómago y del hígado.

Su empleo es apreciado en casos de inapetencias y digestiones lentas.

Contiene alcaloides como la genciamina, importante antipirético que se emplea para combatir fiebres. También tiene lípidos, con acción antiinflamatoria y cicatrizante, por lo que se aplica en heridas y en situaciones que cursan con niveles altos de ácido úrico (gota) y reumatismos.

En procesos de convalecencia también se emplea por su facultad de aumentar el número de glóbulos blancos.

Su utilización en caso de madres lactantes debe evitarse, ya que los principios amargos pasan a la leche.